電視動畫《魔法少女特殊戰明日香》改編自同名漫畫，講述了21世紀。人類終于實現了與其他智慧生命體的接觸。但，這一相遇卻并非幸福之物。從地冥界侵入的怪物，將大多數現代兵器無效化，人類的命運如同風中殘燭。 但在同樣為地冥界所苦的精靈環境條約機構的協助下，人類獲得了起死回生的一著棋。那就是魔法少女。 獲得強大魔力的少女，即使在身心多處負傷的同時，仍然將人類引導向勝利，并終于使大戰結束。 然而，這只不過是新的戰爭的開端而已。國際犯罪、無差別恐怖襲擊、內戰、紛爭…… 魔法少女的戰斗沒有結束...